Perpustakaan Universitas Muhammadiyah Yogyakarta menganut sistem desentralisasi. Sistem desentralisasi merupakan sebuah perpustakaan yang tidak hanya berada di pusat (kampus) saja, melainkan terdapat di setiap unit kerja maupun fakultas. Daftar unit perpustakan dapat dilihat pada link berikut. Setiap unit perpustaan pada umumnya buka mulai pukul 08.00 sampai 15.00 WIB., namun ada unit tertentu yang buka sampai malam, bahkan hari Minggu juga buka.  Adapun Unit Perpustakaan UMY yang buka sampai malam (pukul 21.00 WIB) yaitu Perpustakaan Fakultas Kedokteran, Perpustakaan Pascasarjana dan Perpustakaan Pusat (Gedung D lt 1). Sedangkan Perpustakaan Pusat (Gedung D lt 2 dan 3) buka sampai pukul 17.00 WIB. Selain Perpustakaan yang telah disebutkan di atas buka sampai pukul 15.00 WIB.